Dans une étude effectuée en 1996 par Beaudry et coll, il ressort que les enfants allaités par leur mère ont beaucoup moins d'infections qu'elles soient gastro-intestinales, respiratoires ou ORL, que les autres enfants.

En effet, l'allaitement joue un rôle primordial dans le développement de la flore intestinale, elle-même très liée au système immunitaire.

En cas d'absence d'allaitement maternel ou d'un allaitement trop court dans le temps, l'enfant ne sera pas en contact avec les anticorps maternels nécessaires à l'éducation de sa flore intestinale et ceci jouera sur la qualité de sa flore tout le reste de sa vie.

En effet, les 2 premières années de vie sont essentielles pour l'équilibre intestinal futur. Le premier ensemencement de la flore se fait lors de l’accouchement par voie basse grâce au contact avec la flore vaginale de la maman, l'allaitement constitue le deuxième ensemencement. Il existe donc trois risques de dysbiose (déséquilibre de la flore) : la naissance par césarienne, l'absence d'allaitement suffisant et l’utilisation excessive d’antibiotiques. 

Notons qu'avant 6 mois, l'enfant est encore protégé par les Ac maternels. Et seulement après l'âge de 3 ans, l'enfant développe ses propres Ac.

De plus, la qualité du lait maternel dépend directement de l’alimentation de la mère, qui doit donc être variée et équilibrée.

Enfin, l'allaitement doit être suffisament long dans le temps, l'organisation mondiale de la santé (OMS) préconise un allaitement maternel d'au moins 6 mois.